在证明了时间旅行和末日病毒的真实性后，前精神病患者詹姆斯·科尔和科学家卡塔琳娜博士继续穿梭于不同时代，追捕十二猴子军团的十二名核心领袖。这一季揭示了更加黑暗的真相：十二猴子军团并非仅仅想灭绝人类，而是想利用时间机器制造一个永恒的“寂静纪元”，将人类文明冻结在工业革命之前。科尔在不同的时代见证了人类历史的转折点被猴子军团篡改：第一次世界大战的停战协议被调包、青霉素的发明者被暗杀、甚至他自己的出生也被操纵。他不得不面对一个哲学拷问：如果时间线可以被随意修改，那么“真实”还存在吗？同时，精神病院的心理学家怀斯博士不断出现在各个时代，告诉科尔：“你不是在拯救世界，你是在帮我们修补你打破的玻璃。”
第二季彻底摆脱了原作电影的阴影，构建了自己的宏大的时间悖论体系。每一集都是独立的时间线冒险，但又环环相扣。科尔这个角色的复杂性在这一季达到了顶峰，他在拯救人类和执行任务之间的道德挣扎令人心碎。科幻迷必看的神作。
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